شرکت جهاد تحقیقات آب و انرژی  دارای ۸ گروه تخصصی در زمینه‌های مختلف حفاظت خاک و آبخیزداری، مهندسی منابع آب و ساماندهی رودخانه، مهندسی سد سازی و نیروگاه، مهندسی سواحل و بنادر و سازه‌های دریایی، محیط زیست و ارزیابی‌های زیست محیطی، مهندسی معماری و شهرسازی، ژئوتکنیک و حفاری‌های اکتشافی، سیستم‌های اطلاعات جغرافیایی و‌سنجش از دور و در نهایت تجهیزات ابزاردقیق ‌وآزمایشگاهی می‌باشد که با هدایت کمیته ‌فنی ‌وراهبری‌ وزیرنظر مدیریت شرکت فعالیت می‌نمایند.